นินจาคือกลุ่มนักรบพิเศษซึ่งแตกต่างจากนักรบเป็นอย่างมาก มีอยู่จริงในสมัยเอโดะตั้งแต่ยุคสงครามภายในประเทศ
ญี่ปุ่นสมัยโบราณ เหล่าซามูไรซึ่งเป็นนักรบระดับสูงเคยต่อสู้แย่งชิงอำนาจกัน รัฐบาลสมัยนั้นรวบรวมประเทศให้เป็นหนึ่ง ซึ่งมีชื่อเรียกว่ารัฐบาลโชกุน ทว่าตามท้องถิ่นก็มีเหล่าซามูไรที่มีความรู้สึกไม่พอใจอยู่ ดังนั้นรัฐบาลโชกุนจึงคอยสอดส่องเหล่าซามูไรที่ต่อต้านเหล่านั้น ด้วยใช้กลุ่มนินจาซึ่งมีความสามารถในสืบข้อมูลฝ่ายตรงข้ามและอำนาจทหารเป็นพิเศษซึ่งไม่มีในซามูไร
รัฐบาลโชกุนได้รวบรวมประเทศญี่ปุ่นทั้งหมดเข้าด้วยกัน ซึ่งดำเนินการจริงโดยการวางการบริหารจัดการให้อยู่ภายใต้การดูแลของไดเมียวในแต่ละพื้นที่ รัฐบาลโชกุนจะอยู่ที่เอโดะ(โตเกียวในปัจจุบัน) จึงไม่อาจรู้ได้ว่าไดเมียวในที่ห่างไกลกำลังทำการอะไร หรือรายงานเรื่องจริงต่อรัฐบาลโชกุนหรือไม่ บางทีอาจจะวางแผนจราจลต่อรัฐบาลโชกุนอยู่ก็เป็นได้ ดังนั้น รัฐบาลโชกุนส่งนินจาเข้าไปทั่วญี่ปุ่น เพื่อเก็บข่าวโดยเฉพาะ โดยปกติแล้วพวกเขาจะแอบอ้างเป็นเกษตรกรและพ่อค้า และรวบรวมข่าวลือและเหตุการณ์จากทุกหนทุกแห่ง
ญี่ปุ่นในสมัยก่อนรัฐบาลโชกุนจะออกกฎบังคับควบคุม แต่การดูแลก็ไม่ได้ครอบคลุมถึงหมู่บ้านเกษตรกรรมในหุบเขาและในป่าลึก พื้นที่ที่ว่านั้นจะมีการทำเกษตร พร้อมกับการฝึกฝนอำนาจทหารโดยเฉพาะเพื่อป้องกันตนเอง รัฐบาลโชกุนจึงต้องคอยจับตาดู มีมารยาทในหมู่นักรบว่าจะไม่สืบข่าวข้อมูลและอาวุธทำลายล้าง แต่สำหรับเกษตรกรที่เตรียมพร้อมในการรบแม้จะเป็นเรื่องที่ไร้หัวใจ หรือไร้มารยาทก็จะทำเพื่อให้บรรลุจุดประสงค์ โดยไม่จำเป็นที่จะต้องรักษามารยาท รัฐบาลโชกุนจะทำการฝึกและว่าจ้างกลุ่มที่พร้อมรบของหมู่บ้านเกษตรกรที่ว่านั่นอย่างลับๆ ซึ่งก็คือ"นินจา" หรือที่เรียกในปัจจุบันว่า"สปาย"นั่นเอง ทั้งๆที่นินจามีชาติกำเนิดอันแท้จริงที่ต่ำเตี้ย แต่กลับเป็นองค์กรที่โชกุนผู้รวบรวมประเทศเป็นผู้ควบคุมโดยตรง
แม้โชกุนจะเป็นผู้ควบคุมโดยตรง แต่นินจาก็เป็นองค์ซึ่งไม่เป็นทางการ และไร้ซึ่งตัวตน เพราะเหตุนี้ สมมติว่านินจาถูกพวกซามูไรอื่นจับตัวได้ ก็จะถูกลงโทษในฐานะขโมย นินจาจึงเป็นงานที่เข้มงวดมาก
เพราะรัฐบาลโชกุนว่าจ้างนินจา พวกไดเมียวในแต่ละท้องที่ซึ่งถูกควบคุมดูแลโดยรัฐบาลโชกุนจึงเป็นคู่ปรับและว่าจ้างนินจาเช่นเดียวกัน เหล่าไดเมียวไม่พอใจที่นินจาของรัฐบาลโชกุนมาสืบข่าวในอาณาเขตที่ตนปกครองอยู่ เพราะหากเรื่องที่จะส่งผลไม่ดีต่อตนเองถูกนินจาแจ้งต่อรัฐบาลโชกุนก็อาจจะได้รับการลงอาญาได้ ดังนั้น จึงมีการว่าจ้างนินจาอื่น เพื่อสังหารนินจาที่เป็นสปายในอาณาเขตที่ตนปกครอง
เมื่อเป็นเช่นนี้ความต้องการนินจาจึงเพิ่มมากขึ้น และเกิดหมู่บ้านนินจาไปทั่วทุกหนแห่งของญี่ปุ่น ในฐานะหมู่บ้านนินจา จะมีสองพื้นที่หลักๆซึ่งมีชื่อเสียงมาก ที่แรกคืออิกะในจังหวัดมิเอะ และอีกที่คือโคกะในจังหวัดชิกะ นินจาจะมีโรงเรียนสอนตามบ้านเกิด ซึ่งเรียกว่า "อิงะริว", "โคงะริว" เป็นต้น ตาม หมู่บ้านนินจาโคงะริว 甲賀の里 忍術村 นอกจากโรงเรียนนินจาและหมู่บ้านนินจาที่มีมากมายแล้ว ก็ยังมีโรงเรียนอีก49โรงในปัจจุบัน
เพราะการฝึกฝนในบ้านนินจา หรือเพราะตอนที่ถูกนักรบหรือนินจาฝ่ายศัตรูบุกเข้าโจมตี จึงมีการพลิกแพลงดัดแปลงต่างๆนานา ซึ่งนั่นคือ "บ้านนินจา" เพราะความที่มีเอกลักษณ์ไม่เหมือนใคร ปัจจุบันนี้จึงได้กลายเป็นสถานที่ท่องเที่ยวที่มีนักท่องเที่ยวจำนวนมากมาเยี่ยมเยียน
ในบรรดานินจาผู้ที่ถูกประเมินค่าจากโชกุนมากที่สุดคือ ฮัตโตริ ฮันโซซึ่งจบจากอิงะ เขามีผู้ใต้บังคับบัญชามากกว่า100คน และได้รับมอบหมายในการดูแลความปลอดภัยในเขตเอโดะ
เพราะนินจาใช้อาวุธและศาสตร์โดยเฉพาะ ซึ่งแตกต่างจากนักรบ แม้กระทั่งในปัจจุบันนี้การมีตัวตนอยู่นั้นก็กำลังเป็นที่สนใจของผู้คนอย่างมาก และเคยถูกนำมาทำเป็นละคร,การ์ตูน และอนิเมที่ญี่ปุ่นด้วย ละครโทรทัศน์ซึ่งถ่ายทำในสถานที่จริงซึ่งเกี่ยวกับนินจาและยังคงหลงเหลือความสำเร็จมากที่สุดคือ "หน้ากากนินจาเงาแดง"ซึ่งออกฉายตั้งแต่ปี1967จนถึงปี1968 เพราะละครเรื่องนี้ใช้สเปเชียลเอฟเฟกต์ที่ถือว่ายอดเยี่ยมมากในสมัยนั้น ดังนั้นถึงจะได้ชมในปัจจุบันนี้ก็สามารถรู้สึกสนุกได้
สำหรับการ์ตูนนั้น "ซีรีส์ตำนานคามุย"และ"ซาสึเกะ"ของซัมเป ชิราโตะก็เป็นผลงานสร้างสรรค์ที่เขียนโดยการนำข้อเท็จทางด้านประวัติศาสตร์ผสมลงไปด้วย นินจาฮัตโตริคุงของฟุจิโกะ ฟุจิโอะซึ่งเป็นที่รู้จักกันดีอย่างผลงานโดราเอมอนก็มีชื่อเสียงมากเช่นกัน สำหรับในปัจจุบันนินทามะ รันทาโร่ก็ได้รับความนิยมด้วย และNarutoซึ่งมีชื่อเสียงไปทั่วโลก แม้แต่ในคอสเพลย์ก็เป็นคุ้นเคยของผู้คน
ในอีกด้านหนึ่ง อเมริกาซึ่งเป็นแหล่งกำเนิดภาพยนตร์ มีมีแฟนที่คลั่งไคล้นินจา จึงถูกนำมาใช้เป็นจุดหนึ่งในภาพยนตร์ค่อนข้างมาก
ทำไมในปัจจุบันนินจาจึงเป็นที่นิยมชมชอบขนาดนี้ นั่นก็เพราะศาสตร์ที่เป็นแบบฉบับของตัวเอง เป็นการเลียนแบบที่ไม่ใช่สายเลือดโดยตรงของวิถีบุชิโดที่เรียกว่านักรบ เพราะเหตุนั้น จึงแตกต่างจากวิถีของนักรบที่ให้ความสำคัญกับวิธีการใช้ดาบญี่ปุ่น เพราะเมื่อดูจากนักรบแล้ว นินจาจะใช้วิธีซึ่งไร้มนุษยธรรม อย่างไร้ความปรานี เช่น จู่โจมยามวิกาล, ดักซุ่มโจมตี, ชูริเคน, เชือก, ลูกดอกเป็นต้น วิธีของนินจามีมากมาย สำหรับผู้คนที่ยึดติดอยู่ในเยื่อใยในโลก มันเป็นเรื่องที่สนุก, อิสระ และสะใจที่สุด By Noboru
